AtomEye adalah perisian visualisasi atomis yang cukup pantas untuk mengendalikan output simulasi molekul dinamik dengan berjuta-juta atom.Ia merangkumi unjuran selari dan perspektif dengan tiga dimensi navigasi, ikatan yang disesuaikan dan pengiraan nombor koordinasi, pengekodan warna kuantiti pengguna yang ditentukan secara sewenang-wenangnya, invasif ketegangan atom tempatan, jubin atom berwarna dan pelacakan, sehingga 16 pesawat pemotongan, keadaan sempadan berkalaterjemahan, tangkapan JPEG, PNG, dan EPS, dan skrip animasi ....