Prototaip 1: Permainan ini terletak di New York City, di mana wabak jahat yang dikenali sebagai Blacklight merebak melalui Manhattan.Mereka yang dijangkiti akan bermutasi menjadi raksasa yang mengerikan dalam pelbagai bentuk, dengan keinginan yang tidak terkawal untuk membunuh semua bentuk kehidupan yang tidak terinfeksi.Di tengah-tengahnya adalah protagonis, Alex Mercer, seorang shapeshifter yang sangat kuat tanpa ingatan masa lalu.Selari dengan alur cerita permainan ini adalah keupayaan untuk memainkan permainan ini sebagai permainan video gaya kotak pasir yang memberikan kebebasan pemain untuk menjelajah Manhattan.Prototaip adalah permainan video pengembaraan aksi terbuka yang dibangunkan oleh Radical Entertainment dan diterbitkan oleh Activision.Permainan ini dikeluarkan di Amerika Utara pada 9 Jun 2009, dan di bahagian barat daya Amerika Utara serta Oceania pada 10 Jun, dan dikeluarkan di Eropah pada 12 Jun .... Plot Permainan mengikuti Alex J. Mercer yang bangundi sebuah bilik mayat di bawah tanah Gentek, sebuah syarikat kejuruteraan genetik yang berpusat di Manhattan, menghantar sepasang saintis yang baru saja menjalankan autopsi.Alex melarikan diri, dan menyaksikan saintis ditembak oleh koperasi tentera.Alex ditemui dan diserang ... Prototaip 2: Permainan ini mempunyai protagonis baru, James Heller, kerana dia meneruskan usaha untuk memusnahkan virus Blacklight.Cerita ini juga merupakan dendam, kerana Heller mahu membunuh Alex Mercer, protagonis prototaip asal, selepas keluarganya terbunuh dalam wabak virus Blacklight.Plot 14 bulan selepas Prototaip, Manhattan telah dikuarantin semula sekali lagi, disebabkan oleh wabak kedua, jauh lebih buruk daripada yang pertama, dan disekat dari borough-borough lain di New York City, yang telah dinamakan semula New York Zero (NYZ).Benteng New York telah dibahagikan kepada tiga zon, Zon Merah, Kuning, dan Hijau.Setiap wilayah adalah bagaimana New York City terjejas oleh virus Blacklight.Kebanyakan borough New York Zero telah dijangkiti.James Heller akan mempunyai misi di setiap zon dan kesukaran setiap misi bergantung pada zon mana