Tanda Ninja terdiri daripada platform 2D berorientasikan diam.Watak ini diperlukan untuk menyelinap melalui serangkaian persekitaran sementara menjauhi pengawal dan melakukan takedown senyap.Tahap dibahagikan kepada bidang cahaya dan kegelapan;watak pemain tidak kelihatan semasa di dalamnya.Bunyi seperti berjalan juga boleh memberikan lokasi watak pemain dan diwakili visual oleh bulatan yang berkembang pesat.Tidak biasa untuk platformer, Mark of the Ninja menggunakan garis mekanik penglihatan, yang bermaksud bahawa musuh-musuh yang tidak dapat dilihat oleh watak itu juga tidak dapat dilihat oleh pemain, walaupun bunyi mereka diwakili di skrin dengan cara yang sama seperti watak pemain .... Dengan menghampiri musuh yang tidak dapat dikesan, watak pemain mampu melaksanakan satu hit yang membunuh.Untuk memudahkan ini, pemain dapat memadamkan sumber cahaya, bersembunyi di belakang objek dan melewati gerbang sempit dan aci yang tidak dapat diakses oleh musuh.Sekiranya dikesan, mereka mesti mengelak daripada musuh mereka dan tetap tidak dapat melihat untuk tempoh yang ditetapkan, selepas musuh-musuh itu akan kembali ke kedudukan asal mereka dan hukuman mati sekali lagi dapat dilakukan sekali lagi.Musuh bertindak balas kepada alam sekitar dan satu sama lain;mereka akan membunyikan penggera jika mereka melihat watak pemain atau mencari badan, yang akan memberi amaran kepada semua musuh di kawasan itu.Jika mereka mendengar bunyi atau melihat watak pemain, mereka menjadi mencurigakan, memaparkan tanda tanya di kepala mereka dan secara aktif mencari watak pemain.Plot: Kisah permainan bermula dengan serangan oleh pasukan bersenjata di pangkalan ninja.Watak utama yang tidak dinamakan, yang dibuang selepas menerima tatu, dibangkitkan oleh seorang ninja perempuan bernama Ora.Mengumpulkan peralatannya, ninja dapat mengalahkan tentera dan menyelamatkan tuannya, Azai, bersama para sahabatnya yang lain.Azai memberitahunya tentang kuasa tatu dan legenda di sekelilingnya, menerangkan bagaimana dakwat berasal dari bunga gurun istimewa yang memberikan kemahiran khusus, tetapi pada kos ...