VMD mampu bekerja dengan struktur yang sangat besar sehingga batas memori yang tersedia.Versi 64-bit VMD membenarkan lintasan simulasi bersaiz besar dan panjang untuk dimuatkan ke dalam memori fizikal dan menampung dataset volumetrik yang besar.Simulasi kapsul HIV 64 juta atom yang diterangkan dalam isu May 30, 2013 adalah contoh pertama mengenai apa yang boleh dilakukan dengan VMD pada stesen kerja grafik yang sesuai.Model HIV-1 disediakan untuk simulasi menggunakan alat binaan struktur dan ciri skrip VMD kemudian digunakan untuk analisis trajektori.Struktur atom-atom kapsul HIV-1 yang ditunjukkan pada perlindungan Alam diberikan di dalam VMD menggunakan enjin pelacak sinar Tachyon dalaman, dan kemudian digabungkan dengan perwakilan artistik sampul virus dan teks penutup Alam....